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Anjali Rana on Instagram: "Here’s a quick pipeline to get clean, high-quality Nanopore sequences🙌🏻: cat *.fastq > sample.fastq cat sample.fastq | NanoFilt -q 10 > sample_filtered.fastq sed -n ‘1~4s/^@/>/p;2~4p’ sample_filtered.fastq > sample_filtered.fasta porechop -i sample_filtered.fasta -o sample_filtered_porechopped.fasta Optional If you want to filter sequences based on their lengths: cat sample_filtered_porechopped.fasta | awk ‘$0 ~ “>” {print c; c=0;printf substr($0,2,100) “\t”; } $0 !~
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